John Joseph Hughes (* 24. Juni 1797 in Annaloghan, County Tyrone, Irland; † 3. Januar 1864 in New York City, Vereinigte Staaten) war ein US-amerikanischer Geistlicher und der vierte Bischof sowie erste Erzbischof des Erzbistums New York.
Er war eine Person von nationaler Bekanntheit und übte großen moralischen und sozialen Einfluss aus. Er stand an der Spitze des Bistums und Erzbistums während einer Zeitspanne des explosiven Wachstums des Katholizismus in New York. Hughes galt als „der bekannteste, wenn nicht sogar der beliebteste katholische Bischof des Landes“.[1] Hughes war auch als „Dagger John“ bekannt, einerseits wegen seiner Gewohnheit, seine Unterschrift mit einem dolchförmigen Kreuz zu versehen, andererseits wegen seiner Persönlichkeit, die Konflikte nicht scheute.[2]